คูโบ้และมหัศจรรย์พิณสองสาย ณ ดินแดนญี่ปุ่นยุคโบราณในจินตนาการ บนชายฝั่งที่มีหินสูงชัน มีเด็กชายคนหนึ่งชื่อคูโบ้อาศัยอยู่บนหน้าผาสูงริมทะเล คูโบ้ (พากย์เสียงโดยอาร์ท พาร์คินสัน จากซีรีส์เรื่อง Game of Thrones) เป็นเด็กมอมแมมข้างถนนที่เฉลียวฉลาดและเอื้ออารี มีรายได้พอเลี้ยงชีพในแต่ละวันจากการเล่านิทาน ที่สะกดคนในหมู่บ้านประมงเล็กๆด้วยพรสวรรค์ในการเล่าเรื่องที่สนุกตื่นเต้นจากกระดาษพับ ในบรรดาคนในหมู่บ้านที่หลงใหลเรื่องเล่าของเขา คือโฮซาโต (จอร์จ ทาเค), ฮาชิ (แครี-ฮิโรยูกิ ทากาวะ) และคาเมโย (เบรนดา แวคคาโร นักแสดงที่เคยเข้าชิงรางวัลออสการ์) ในตอนกลางคืน คูโบ้จะคอยดูแลแม่ของเขาเวลาที่เธอตกอยู่ในภวังค์ ตามการขึ้นและตกของดวงจันทร์ ชีวิตที่เงียบสงบของหมู่บ้านแห่งนี้พังทลายลง เมื่อคูโบ้เรียกวิญญาณจากอดีตของเขามาโดยไม่ตั้งใจ และถูกรังควานด้วยความอาฆาตในอดีต เขาต้องหนี โดยมีลิงจอมดุและเอาจริงเอาจัง (พากย์เสียงโดยชาร์ลิซ เธอรอน นักแสดงรางวัลออสการ์) และด้วงซามูไร (นักแสดงรางวัลออสการ์แมทธิว แม็คคอนาเฮย์) รวมพลังร่วมทางกัน เพื่อไขปริศนาเรื่องพ่อของเขาซึ่งเป็นซามูไรผู้ยิ่งใหญ่ คูโบ้ต้องตามหาของสำคัญที่เคยเป็นของพ่อ คือเสื้อเกราะ ดาบ และหมวก ด้วยความช่วยเหลือของเพื่อนใหม่และพิณมหัศจรรย์ของเขา การเดินทางผจญภัยของคูโบ้ต้องดั้นด้นฝ่าพายุหิมะในฟาร์ แลนด์ส ดินแดนใต้น้ำการ์เดน ออฟ อายส์ และป่าไผ่ที่เต็มไปด้วยภยันตราย คูโบ้ได้เรียนรู้เกี่ยวกับพลังวิเศษของเขาจากบททดสอบความเข้มแข็งและคุณสมบัติ ต้องต่อสู้ทั้งกับทวยเทพและอสุรกาย รวมทั้งมูนคิง ซึ่งผูกใจเจ็บ (เรล์ฟ ไฟน์ส นักแสดงที่เคยเข้าชิงรางวัลออสการ์) และปีศาจสาวฝาแฝด (รูนีย์ มารา นักแสดงที่เคยเข้าชิงรางวัลออสการ์) เพื่อไขความลับเรื่องมรดกของเขา ทำให้ครอบครัวกลับมาอยู่ร่วมกันอีกครั้ง และเติมเต็มชะตากรรมที่กล้าหาญของเขา Kubo and the Two Strings