นักเรียนมัธยมโอกิ ไทจุบอกกับอิชิงามิ เซ็นคูเพื่อนผู้รักวิทยาศาสตร์ว่าตนจะไปสารภาพรักกับโองาวะ ยุสึริฮะเพื่อนร่วมชั้น ไทจุเตรียมการจะสารภาพรักกับยุสึริฮะที่ใต้ต้นการบูรในสนามโรงเรียน แต่ความพยายามของไทจุก็ถูกขัดจังหวะด้วยแสงประหลาดบนท้องฟ้า ไทจุผลักยุสึริฮะไปยังต้นไม้เพื่อปกป้องเธอในขณะที่แสงได้ทำให้พวกเขากลายเป็นหินไปพร้อมกับประชากรมนุษย์ทั้งหมด 3,700 ปีต่อมาหลังการกลายเป็นหิน เซ็นคูและไทจุได้กลับคืนสภาพเดิมจากการกลายเป็นหินมาอยู่ในโลกในยุคที่พวกเขาเรียกว่าโลกยุคหิน
เซ็นคูค้นพบว่าการกลายเป็นหินสามารถรักษาได้ด้วยไนตอล และตั้งใจจะฟื้นฟูอารยธรรมขึ้นใหม่พร้อมด้วยความช่วยเหลือจากไทจุ พวกเขาตั้งใจจะคืนสภาพให้ยุสึริฮะเป็นคนแรก แต่เมื่อพวกเขาถูกโจมตีโดยฝูงสิงโตจึงจำเป็นต้องคืนสภาพให้กับชิชิโอะ สึคาสะที่เป็นนักศิลปะการต่อสู้ ก่อนจะคืนสภาพให้ยุสึริฮะได้สำเร็จในภายหลัง
ความขัดแย้งทางอุดมคติระหว่างเซ็นคูและสึคาสะทำให้กลุ่มของเซ็นคูก่อตั้งราชอาณาจักรวิทยาศาสตร์ที่หมู่บ้านอิชิกามิเพื่อฟื้นฟูอารยธรรมและค้นหาความลับของการกลายเป็นหิน ส่วนสึคาสะก่อตั้งจักรวรรดิแห่งกำลังเพื่อสร้างโลกใหม่ที่ปราศจากเทคโนโลยีและมีเพียงคนหนุ่มสาวที่ได้รับการคืนสภาพ
Source:Dr.Stone Season